波希米亚战争平息后，天主教联军首领巴伐利亚公爵根据战前与德皇达成的协议，获得了原属普法尔茨的选帝侯资格并占有了上普法尔茨地区。波希米亚受到毁灭性的打击。王国境内一半以上的地产被没收和转手，约有13万捷克人被迫流亡。在重施天主教化和德意志化政策的同时，天主教诸侯控制区域的大批德意志移民迁入波希米亚。1627年5月，德皇颁布了新的法规。其中规定波希米亚及其邻近地区皆属哈布斯堡家族的世袭领地，取消各等级的选举权，议会仅限于讨论财政开支问题。波希米亚原有的自治结构和民族权利，已全然丧失了。
丹麦战争时期
德皇斐迪南二世依靠天主教联盟和西班牙的支持在波希米亚战争中取得胜利，使那些想通过支持德意志新教联盟插手德国事务的欧洲国家感到不安，他们不能坐视德皇权力正在恢复和增长的这一现实。