皇太极获知明朝廷中的上述情况后，便决定施行反间计。以达到用明朝皇帝之手杀掉袁崇焕的目的。为此，他故意引兵撤退，同时让明军降将高鸿中在囚禁两个明朝太监的屋外对看守人员说：“你知道我军为什么退兵吗？这是因为皇上和袁巡抚订了密约，看来，占领北京的大事很快就要成功了。”尔后，又故意让两名太监逃走。逃回城里的太监立即向崇祯皇帝报告。已对袁崇焕疑心重重的崇祯皇帝一听到太监的告发，更加深信不疑，马上以召见为名，把袁崇焕逮捕下狱。袁崇焕的部将祖大寿等人，为抗议朝廷逮捕主帅，自率部离京还宁远。身陷囹圄的袁崇焕时刻以国家安危的大局为重，在崇祯皇帝的恳请下，亲笔手书请祖大寿等全体官兵，要他们听从朝廷命令，团结一心，坚持抗金，决不能因为他个人生死而轻举妄动，千万不要危害抗金大业。祖大寿等全体官兵被袁崇焕的信感动得失声痛哭，当即回师入关，期望能用奋勇杀敌之举来保全他们主帅的性命。