随着朝政的混乱，意见的分歧得不到及时的弥合和抚平，党争开始显现苗头。
当时与东林党政见不合的是内阁大臣王锡爵、沈一贯和方从哲等人，他们被称为“浙党”。另外还有什么“秦党”，成员都是陕西籍的官僚，还有什么“齐党”、“楚党”、“宣党”，都是以首领的籍贯命名的。“秦党”的政见与“东林党”相吻合，其他各“党”都与“浙党”声气相通，两大阵营基本形成。
东林党人由于位卑权低，所以常常处于被打压的状态中。但他们仍不畏强权，为民请命，大胆弹劾朝中权贵，反对“矿使”、“税监”，甚至敢于冒犯万历皇帝。
当凤阳巡抚李三才受到内阁大臣论处的时候，在东林书院讲学的顾宪成就上书给叶向高、孙丕扬，称颂李三才的政绩。御史吴亮把顾宪成的信抄在邸报中，使攻击李三才的人大为恼火。
李三才任职凤阳巡抚期间，曾经查抄了太监陈增的爪牙程守训的几十万赃款及大量的奇珍异宝，并将程守训依法治罪，办了一件大快人心的好事。他还在万历二十七年和二十八年，多次上疏，陈述矿税的弊害。