对西南军阀来说，除掉程壁光不是最终目的，他们的根本目的是排斥孙中山。他们勾结直系军阀，内外呼应，反对孙中山。唐继尧、陆荣廷直接提出要改组军政府，把大元帅一长制改为七总裁会议制。
孙中山对此寸步不让，他打电报给唐继尧，表明了对北洋军阀不能作丝毫让步的坚定态度，同时督促各军要坚持北伐，讨伐段祺瑞。孙中山还约请了全体国会议员到军政府谈话，严厉地提出质问：改组军政府这件事是关系全局的大举措，国会怎能不事先征求军政府的意见就突然提议？这种做法符合情理吗？孙中山态度坚决地表示：根本反对改组军政府，即便改组后当选为总裁，也决不赴就。
在桂系军阀和其他政客的收买操纵下，1918年4月10日，非常国会通过了改组军政府的《中华民国军政府组织大纲修正法》。
“南与北如一丘之貉！”孙中山愤慨南北军阀的不仁不义，一时激动猛地一掌拍在了床边的柜子上，“啪”的一声在黑夜中格外的响亮。宋庆龄说：“有什么事，明天再想吧，这么晚了，你身体又不好，先睡吧。”孙中山瞅着这个比自己小二十多岁的妻子，这些年来跟着自己辗转南北，头上已依稀可见几根白发，而自己仍然一事无成，国家依旧梦断山河，不禁悲从中来，落下眼泪。
宋庆龄安慰他说：“中国也不是没有进步，别忘了青年学生们掀起的五四运动，不是使外国和政府都畏惧三分吗？你看，这许多年来，你依靠政府，依靠军阀都没能打击到帝国主义，而自发的群众们却做到了这一点，我们可以依靠群众，只有百姓们团结起来，才能救自己。”看着宋庆龄那义正言辞的劲儿，孙中山忍不住笑了，他握着宋庆龄的手说：“庆龄，没想到你的政治眼光这么锐利了。你说的对，是不能再迷信什么军阀，应该自己救自己。”宋庆龄接着说道：“导师不是可以再组织一次群众活动，工商界我们也有很多朋友，在必要时，他们都能帮忙。”孙中山沉思了一会，摇摇头说：“那还不行，群众毕竟是散的，要有一个巩固的领导政权才能够发动起这个强大的武器，否则反而有可能弄巧成拙，使群众受损失。反动政府虽然顽固恶劣，但他们毕竟掌握军事力量，所以也不能正面硬碰。”两人都相对无言，时钟在静夜中嘀哒嘀哒地走着，宋庆龄也陷入了沉思。