除上述人为原因外，明末的灾荒似乎也特别多，许多地方几乎是无年不灾，而朝廷根本无法组织有效的救济，承担应该承担的责任。灾民们连生计都无法维持，更谈不上恢复生产，交粮纳税了。
顺便说一句，这些灾荒虽有自然界的原因，但最根本的还是人为因素。例如，在当时这样的农业社会中，水利是命脉。政府最重要的职能之一也是维持和组织水利事业。在明初以实物和徭役征发的财政体制之下，各地的水利事业尚能维持。在费用方面，基本上由中央财政、地方财政分摊，而百姓则出劳力。明中期以后，这一套水利原则就无法维持了。如黄河，原先规定三年一小挑，五年一大挑，定期疏浚。但至万历以后，黄河利就无法维持了，导致河床淤积越来越厚，河堤经常决口，造成了严重损失。又如江南地区，水利更为重要。只要稍有懈怠，立即就有水旱之虞，重则江河决堤，轻则农业生产受到影响。但在明末，江南水利也处于失修状态，水旱灾不断。
水利重要与否，应该是每个官员都能明白的简单问题，但水利仍连年失修。原因很简单，那就是经费不足。朝廷不肯出钱，地方无钱可出，豪绅大户更不肯破财，而广大的百姓，也不会像以前那样白白出力。况且，百姓即使肯出力，也无处出力，因为政府不进行有效的组织。