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就在徽州盐商衰落的同时，1851年，太平军之乱爆发了。
从1851年到1875年，太平军和捻军先后在南北方持续兴起，战火广泛波及清朝18个省的600多座城市，由于战争导致商路断绝，这就使得徽商们的日常经营陷于瘫痪，“自经兵灾，船稀商散”。
迫于动乱，徽商们开始大规模返乡避灾，然而他们万万没想到的是，1854年太平军先是攻占徽州祁门，随后太平军与清军在徽州展开了长达12年的拉锯战，无论是太平军还是清军，都在徽州民间实施了残酷的劫掠——“曾国藩驻师祁门，纵兵大掠，而全部窖藏一空”，太平军在徽州期间则“掳掠尽家有，不复遗余粒，逢人便搜囊，勒索金银亟”。
在残酷的战争扫荡和接踵而至的瘟疫、灾荒侵袭下，作为徽商大本营的徽州也受到了毁灭性打击，以至于曾国藩都在上奏清廷的奏折中写道：“皖南及江宁各属，市人肉以相食，或数十里野无耕种，村无炊烟。”
在二十多年的战争扫荡下，徽商商帮从南到北一片哀鸿遍野，继盐业之外，茶业、典当业、木材业等徽商传统主营项目也都受到了致命性的摧残，而在先后平定太平军和捻军之乱后，徽商们也猛然发现，即使战争停歇，他们所面对的外部环境也发生了剧变。