但在此时，事情几乎都是向着不利于吴佩孚的方向发展，先是日本天津驻屯军司令官吉冈显作发出声明，表示不允许直军再次使用秦皇岛码头，秦皇岛码头是直军唯一可以撤退的水路枢纽，日方此时已经准备更换主顾了。同时，奉军张宗昌所部日本人永骑兵少佐率领先头部队黑龙江骑兵大队南下滦河流域，切断了直军的后路。吴佩孚压下冈野增次郎交给他的电报，要求所有人不得将北京事变泄露出去，以免动摇军心。25日，吴佩孚率领高级参谋人员赴九门口前线督战，于午后召开紧急军事会议，直军所有高级将领均到会，吴佩孚在会上宣布了北京事变及总退却的命令。
是日下午6时，3000名士兵先期运离，8时，总司令部列车驶离秦皇岛。在吴佩孚携总部撤退之前，他在前线布置了三道防御线，秦皇岛一线由张福来负责，昌黎一线由彭寿莘负责，滦州一线由靳云鹗负责。总部专车于26日上午11时抵达天津，抵达天津之后，吴佩孚即着手积极布防，并希望以天津为据点，趁奉军未南下之际攻入北京，击退冯玉祥部，重新控制北京。但是让吴佩孚始料未及的是，他在北方精心布置下的三条防线，很快就在奉军的攻击下土崩瓦解。